(二)合同價款糾紛的處理原則
　　建設工程合同履行過程中會產生大量的糾紛，有些糾紛并不容易直接適用現有的法律條款予以解決。針對這些糾紛，可以通過相關司法解釋的規定進行處理。2002年6月11日，最高人民法院通過了《關于建設工程價款優先受償權問題的批復》(法釋[2002] 16號)，2004年9月29日，最高人民法院通過了《關于審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》(法釋[2004] 14號)。司法解釋中關于施工合同價款糾紛的處理原則和方法，更是可以為發承包雙方在工程合同履行過程中出現的類似糾紛的處理，提供參考性極強的借鑒。
　　1．施工合同無效的價款糾紛處理
　　建設工程施工合同無效，但建設工程經竣工驗收合格，承包人請求參照合同約定支付工程價款的，應予支持。建設工程施工合同無效，且建設工程經竣工驗收不合格的，按照以下情形分別處理：
　　(1)修復后的建設工程經竣工驗收合格，發包人請求承包人承擔修復費用的，應予支持。
　　(2)修復后的建設工程經竣工驗收不合格，承包人請求支付工程價款的，不予支持。因建設工程不合格造成的損失，發包人有過錯的，也應承擔相應的民事責任。承包人非法轉包、違法分包建設工程或者沒有資質的實際施工人借用有資質的建筑施工企業名義與他人簽訂建設工程施工合同的行為無效。人民法院可以根據相關法律的規定，收繳當事人已經取得的非法所得。
　　2．墊資施工合同的價款糾紛處理
　　對于發包人要求承包人墊資施工的項目，對于墊資施工部分的工程價款結算，最高人民法院《關于審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》提出了處理意見：
　　(1)當事人對墊資和墊資利息有約定，承包人請求按照約定返還墊資及其利息的，應予支持，但是約定的利息計算標準高于中國人民銀行發布的同期同類貸款利率的部分除外。
　　(2)當事人對墊資沒有約定的，按照工程欠款處理。
　　(3)當事人對墊資利息沒有約定，承包人請求支付利息的，不予支持。
　　3．施工合同解除后的價款糾紛處理
　　(1)建設工程施工合同解除后，已經完成的建設工程質量合格的，發包人應當按照約定支付相應的工程價款。
　　(2)已經完成的建設工程質量不合格的：
　　1)修復后的建設工程經驗收合格，發包人請求承包人承擔修復費用的，應予支持。
　　2)修復后的建設工程經驗收不合格，承包人請求支付工程價款的，不予支持。
　　4．工程設計變更的合同價款糾紛處理
　　當事人對建設工程的計價標準或者計價方法有約定的，按照約定結算工程價款。因設計變更導致建設工程的工程量或者質量標準發生變化，當事人對該部分工程價款不能協商一致的，可以參照簽訂建設工程施工合同時當地建設行政主管部門發布的計價方法或者計價標準結算工程價款。
　　5．工程結算價款糾紛的處理
　　(1)陰陽合同的結算依據。當事人就同一建設工程另行訂立的建設工程施工合同與經過備案的中標合同實質性內容不一致的，應當以備案的中標合同作為結算工程價款的根據。
　　(2)對承包人竣工結算文件的認可。當事人約定，發包人收到竣工結算文件后，在約定期限內不予答復，視為認可竣工結算文件的，按照約定處理。承包人請求按照竣工結算文件結算工程價款的，應予支持。
　　(3)工程欠款的利息支付。
　　1)利率標準。當事人對欠付工程價款利息計付標準有約定的，按照約定處理；沒有約定的，按照中國人民銀行發布的同期同類貸款利率計息。
　　2)計息日。利息從應付工程價款之日計付。當事人對付款時間沒有約定或者約定不明的，下列時間視為應付款時間：①建設工程已實際交付的，為交付之日；②建設工程沒有交付的，為提交竣工結算文件之日；③建設工程未交付，工程價款也未結算的，為當事人起訴之日。