但因管理體制本身仍存在不少缺陷，導致各地方、各部門認識不一致，在全國絕大多數地區建立的有形建筑市場運行中，出現了一些嚴重影響和制約建設市場有序發展的新問題，已經影響了建設市場的健康有序發展，需要我們認真加以研究和解決。這些問題主要體現在兩個方面：
一是多頭、重復建立建設工程交易中心問題。由于交易中心性質不夠明確，一些專業部門或業主片面地認為建設工程交易中心是建設部門設立的，專業部門如鐵路、交通、水利、郵電等也可另設市場。因此，出現多頭、重復建立工程交易中心問題。
二是監管與交易兩者職能混合不分問題。目前多數建設主管部門招標辦和交易中心是兩塊牌子一套班子，這種工作模式對減少環節，提高效率，迅速地成立起有形建筑市場起到了積極的推動作用。但隨著建筑市場的規范化管理，矛盾日益突出，交易中心為服務性事業單位，是為開展招投標活動提供服務的場所，屬社會中介組織的范疇，本身不具備政府部門監督管理的職能。而招標辦是對招投標的活動實施監督，具有監督管理職能。因此隨著招投標工作的深入，兩者職能混合，肯定會出現既當運動員又當裁判員的弊端，產生各種矛盾和問題。
要找到上述問題存在的根本原因，有必要從有形建筑市場的功能來分析。
從有形建筑市場的功能來看，有形建筑市場有三個功能：一是為建設工程招投標活動提供設施齊全、服務規范的場所，二是為建設工程交易各方提供信息服務，三是為政府主管部門實施監督和管理提供條件，即管理和服務功能。有形建筑市場的作用能否充分得到發揮，能否順利、規范運行，關系到建筑市場能否得到整頓和規范，是事關建筑業健康穩定發展的大事，而作用的發揮依賴于有形建筑市場其自身功能是否能夠實現，保持有形建筑市場的獨立性和統一性是其功能實現的前提。
有形建筑市場的獨立性強調的是有形建筑市場與現有政府行業管理部門之間的關系，要求的是勘查、設計、施工、招標代理等企業（而非有形建筑市場）不能與政府部門以及所屬機構“一套班子，兩塊牌子”，避免受到行業管理部門的干擾，但這并非說明有形建筑市場與政府無關，有形建筑市場只有在各個政府部門的支持下，才能實現其載體功能；有形建筑市場的統一性主要是依據國辦發[2002]21號文《嚴格有形建筑市場設立審批管理》中的規定，即一個區域只能設立一個工程交易中心，避免多頭、重復建立。
只有按照比較統一的模式、打破區域和行業界限來建設有形建筑市場，有效地處理有形建筑市場與分市場的關系、總包市場與專業和勞務分包市場的關系，才能避免資源浪費、效率不高、信息鏈過長帶來的信息損耗等問題，有效地實現有形建筑市場為政府監管服務的功能。只有保持獨立，才能保證有形建筑市場免受過多的干擾，為交易雙方和政府監管提供更優質的服務；只有實現統一，才能保證建筑市場信息傳遞過程的流暢和完整，避免過多環節的損耗。
