在工程竣工決算審計中，應明確以下幾個方面為重點：
第一，核定施工工程量。核定施工工程量是工程竣工決算審計的關鍵。由于工程量的計算多且煩瑣，圖紙顯示抽象，容易造成高估冒算，因此，一是要重點審核投資比例較大的分項工程，如混凝土結構梁、板、柱、樓板、鋼結構以及高級裝飾項目等。二是要重點審核容易混淆或出漏洞的項目。如：建筑工程中的內外墻體、面積應以實砌體積計算，要扣除梁、柱、門、窗體積，在實際施工計算中施工單位往往不扣或少扣梁、柱的體積。三是要防止儀表、衛生器具、管道的閥門已計入定額，施工單位又計入安裝工程量。四是防止鋼筋混凝土基礎T型交接重復計算，以及梁、板、柱交接處受力筋重復計算等。
第二，審核材料用量及價差。材料用量審核，主要是審核土建工程三大主材及裝飾工程、水、電、暖材料用量。材料量審核也是工程竣工決算審計的重要一環。由于市場材料價格不一且波動較大，因此材料價差的審核，特別是主材價差的審核更為重要。要認真審核材料的品種、規格、產地、質量是否符合設計標準和國家規范。材料價差應依照定額用量、實際消耗量和預算定額單價、實際單價分析計算，既不能遺漏，也不能重復計算。
第三，審核工程類別。對施工單位的資質和工程類別進行審核，是保證工程取費合理的前提。確定工程類別，應按國家規定的規范認真核對。
第四，審計工程定額的套用。定額套用審核要注意由于定額缺項或定額使用條件不符而發生的高估冒算、弄虛作假的問題。首先要審核決算中所列工程項目、規格、計算單位是否與所套用的定額相符，是否有錯套現象。應重點審核價高、工程量較大或定額子目容易混淆的項目，保證工程造價準確。其次，在套用定額時注意相互之間的換算，如砌筑、混凝土標號的換算等，保證換算數據準確。
第五，審計主體工程以外的外網工程。在審核竣工決算時，對列入建安主體的水、電、暖與室外配套的水、電、暖外網工程，應分別審核，防止施工費用混淆、重復計算。
