客戶買進(做多)或賣出(做空)股票價格指數期貨合約的委托指令一旦得到執行，交易所的清算機構(清算所)必須記錄成交合約數量、成交價格和接受客戶委托的經紀商所屬清算公司的名稱，并于當日交易收盤時按清算價格進行清算。
按照清算所規則，清算所只為清算會員進行清算。非清算會員的交易所成員必須將其當日成交的合約提交清算會員，后者將其自己的交易以及其客戶的交易一起提交給清算所，由清算所完成清算。清算所首先要做的，是記錄和核實交易雙方的交易賬目是否一致。若出現差錯，則必須向有關清算會員核實校正。差錯的校正通常要經過幾個回合，直至核對無誤，有關各方才簽字確認，隨后清算所予以清算。
完成清算，包括以下幾個方面的含義：(1)全部清算會員的交易經過充分清算后，不同的清算會員或持有凈多頭合約頭寸，或持有凈空頭合約頭寸，但所有清算會員的凈頭寸理論上應等于零，不會存在軋多或軋少的問題。(2)按清算價格對清算會員保證金賬戶余額進行調整，即貸記盈利方賬戶，借記虧損方。各經紀商的客戶保證金賬戶也同樣作出相應的調整。這里，清算價格并非收盤價格，而是交易收盤前規定的時間內各筆交易價格的加權平均價格。(3)清算會員要對其賬目下的合約頭寸負履行合約的義務。該項義務直至其期貨頭寸了結為止。
