實行安全生產許可制度，必須建立相應的安全生產許可證頒發管理體制，確定安全生產許可證頒發管理的行政機關。鑒于煤礦企業、非煤礦礦山企業、建筑施工企業和危險化學品、煙花爆竹、民用爆破器材生產企業的特點各不相同，負有安全生產監督管理職責的部門及其職責各不相同，這就決定了安全生產許可證的頒發管理機關不是一個而是多個。
《安全生產許可證條例》從實際出發，根據不同情況規定了安全生產許可證頒發管理機關的級別及其權限。
(一)安全生產許可證發證機關的層級
《安全生產許可證條例》按照兩級發證的原則規定了安全生產許可證的頒發機關，并對民用爆破器材生產企業安全生產許可證的頒發機關作出了特殊的規定。
1，兩級發證
安全生產許可證頒發管理機關的層級究竟應當如何確定才更符合實際，在制定《安全生產許可證條例》過程中經過了反復研究，最終確定了兩級發證的原則。《行政許可法》對實施行政許可的行政機關有嚴格的規定。《行政許可法》規定，有權依法設定行政許可的只有國家和省、自治區、直轄市兩級國家權力機關和行政機關，具有行政許可設定權的行政機關有權依法實施行政許可。為了使行政許可的設定機關與實施機關的層級相一致避免兩者之間因層級差別而影響安全生產許可制度的實施，《安全生產許可證條例》確定國務院與省、自治區、直轄市兩級人民政府的負有安全生產監督管理職責的部門和建設行政主管部門為安全生產許可證的發證機關。
2一級發證
在兩級發證的原則下，也要對特殊情況作出特別規定，民用爆破器材生產企業安全生產許可證的發證機關就是特例。民用爆破器材生產企業具有特殊性，不宜與其他高危生產企業等同。民用爆破器材生產企業數量較少，發證和管理的工作量較小。目前國防科技工業主管部門只設有國家和省兩級，有的省級機構尚不健全，人員較少，市，縣兩級基本未設機構。有鑒于此，《安全生產許可證條例》第五條規定，國務院國防科技工業主管部門負責民用爆破器材生產企業安全生產許可證的頒發和管理。
(二)煤礦企業安全生產許可證的頒發和管理
1發證對象
在制定《安全生產許可證條例》的時候，考慮到煤礦已經實行煤炭生產許可證的特殊情況，有必要在安全生產許可證頒發對象上與有關法律、行政法規進行銜接，以免由于發證對象的不一致，造成兩種行政許可制度之間的脫節。
《煤炭法》第二十二條規定，煤礦投入生產前，煤礦企業應當依照《煤炭法》規定向煤炭管理部門申請領取煤炭生產許可證，由煤炭管理部門對其實際生產條件和安全條件進行審查，符合本法規定的，發給煤炭生產許可證。未取得煤炭生產許可證的，不得從事煤炭生產。《煤炭生產許可證管理辦法》第七條規定，煤礦企業應當以礦(井)為單位，申請領取煤炭生產許可證。在煤礦企業發證對象的問題上，《安全生產許可證條例》與《煤炭生產許可證管理辦法》的有關規定完全一致，安全生產許可證和煤炭生產許可證的發證對象都是煤礦企業的礦(井)。《安全生產許可證條例》第七條第二款規定，煤礦企業應當以礦(井)為單位，在申請領取煤炭生產許可證前，依照本條例的規定取得安全生產許可證。《安全生產許可證條例》關于煤礦企業應當以礦(井)為單位申請領取安全生產許可證的特殊規定，不適用于其他非煤礦礦山企業。
2發證機關
煤礦企業安全生產許可證頒發管理機關也很特殊，它不是省級人民政府的煤炭管理部門，而是國家垂直管理的省級煤礦安全監察機構。《安全生產許可證條例》第三條規定，國家煤礦安全監察機構負責中央管理的煤礦企業安全生產許可證的頒發和管理。在省、自治區、直轄市設立的煤礦安全監察機構負責前款規定以外的其他煤礦企業安全生產許可證的頒發和管理，并接受國家煤礦安全監察機構的指導和監督。
國家未設直屬煤礦安全監察機構的其他省、自治區、直轄市的煤礦企業安全生產許可證頒發管理機關，應當是《煤礦安全監察條例》授權的省、自治區、直轄市人民政府指定的部門，多數為省級安全生產監督管理局。在這些地方。省級安全生產監督管理局依法履行煤礦企業安全生產許可證頒發管理機關的全部職責。
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